Hội pháp y học Việt Nam được tổ chức theo nguyên tắc tập trung từ trung ương trực tiếp đến hội viên

Tổ chức của Hội gồm:

- Đại hội đại biểu hoặc Đại hội toàn thể hội viên.
- Ban chấp hành (viết tắt là BCH).
- Thường vụ Ban chấp hành.
- Ban kiểm tra.
- Các Ban chuyên môn và văn phòng.